Do 1864 r. pełnił również funkcje spowiednika i kapelana nowej wspólnoty oraz katechety Zakładu. Z jego rąk pierwsze felicjanki przyjmowały habity. On też w 1860 r. asystował przy utworzeniu kontemplacyjnej gałęzi Zgromadzenia, a po odłączeniu się klauzury w 1871 r. przejął nad nią całkowite kierownictwo. Po masowej kasacie zakonów, będącej skutkiem represji zaborcy po powstaniu styczniowym, gdy kapucynów wywieziono do Zakroczymia, Ojciec Honorat utrzymywał stały kontakt korespondencyjny z wieloma felicjankami i opracowywał Konstytucje Zgromadzenia.

Znany jako „więzień konfesjonału,” zarówno w Zakroczymiu, jak i w Nowym Mieście n. Pilicą, dokąd musieli się kapucyni przenieść w 1892 r., rozwijał działalność zakonotwórczą. W 1903 r. jako gorliwy czciciel Maryi, którego zawołaniem było hasło „Tuus totus”, rozpoczął starania o wprowadzenie liturgicznego święta Matki Boskiej Częstochowskiej.

Z powodu niesłusznych podejrzeń decyzją Stolicy Apostolskiej w 1908 r. został odsunięty od założonych przez siebie zgromadzeń. Doświadczony prześladowaniami rządowymi w ostatnich latach życia dotkliwie odczuwał również represje władz carskich w stosunku do zgromadzeń ukrytych.

Zmarł w Nowym Mieście 16 grudnia 1916 r. Beatyfikowany w Rzymie przez św. Jana Pawła II - 16 października 1988 r. Ze względu na ogromny wkład w formowanie podstaw duchowości Zgromadzenia Sióstr św. Feliksa stał się jego duchowym ojcem, określanym przez pierwsze felicjanki nawet mianem „Fundatora”.